Rob Knight: Dimmi che batteri hai e ti dirò chi sei.

4 Aprile 2015

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Rob Knight è un pioniere dello studio dei microbi umani, quella comunità di microscopici organismi unicellulari che vivono nel nostro corpo e che hanno un ruolo importantissimo - ed ampiamente inesplorato - nel mantenimento della nostra salute. Come afferma Rob Knight: "Quel chilo e mezzo circa di microbi che ci portiamo appresso potebbe essere molto più importante di ogni singolo gene presente nel nostro genoma". Scopriamo insieme perché. L'uomo si è sempre molto preoccupato della salute del proprio corpo. ma non è sempre stato altrettanto bravo a comprendere che cosa è importante. Prendiamo, ad esempio, gli Egiziani: erano molto interessati ad alcuni organi che ritenevano utili nell'aldilà, ma ne tralasciavano altri. Come questo, ad esempio. Mentre conservavano scrupolosamente stomaco, polmoni, fegato ed altro, il cervello veniva spappolato, drenato attraverso il naso e gettato via. Il che ha un senso, perché, in fondo, a che serve un cervello? Supponiamo ora che nel nostro corpo ci sia un altro organo di peso uguale al cervello, e, in qualche modo, per noi altrettanto importante, del quale sappiamo poco o nulla e che trattiamo con poco riguardo. Immaginiamo, quindi, di stare appena cominciando a comprendere grazie ai progressi della scienza, l'importanza di tale organo per noi stessi. Naturalmente vorremmo saperne di più! 1:06Si dà il caso che questo organo esista davvero: è l'intestino, o, per meglio dire, i microbi che vi abitano.Questi microbi non sono i soli ad essere importanti per noi. I microbi di tutto il corpo sono fondamentali per tutta una serie di differenze che fanno di ciascuno di noi un essere unico. Non so se avete notato, ad esempio, che alcune persone, più di altre, vengono punte dalle zanzare. 1:30L'aneddotica personale delle esperienze di campeggio lo dimostra chiaramente. Io, ad esempio, vengo punto raramente, dalle zanzare, ma la mia compagna, Amanda, le attrae a sciami. Il motivo è che sulla nostra pelle ci sono microbi diversi che producono sostanze chimiche diverse, rilevate dalle zanzare. 1:47I microbi sono importantissimi in medicina. Il tipo di microbi presenti nell'intestino determina se certi antidolorifici siano tossici o no, per il fegato, oppure se altri farmaci saranno efficaci per un disturbo cardiaco. Nei moscerini della frutta, i microbi determinano perfino la scelta del partner sessuale. Per l'uomo, ciò non è stato ancora dimostrato, ma forse è solo questione di tempo. (Risate) 2:14I microbi, dunque, svolgono un gran numero di funzioni. Ci aiutano a digerire il cibo. Contribuiscono a formare il sistema immunitario. Ci aiutano a resistere alle malattie e possono perfino influire sul nostro comportamento. Che aspetto potrebbe mai avere una mappa di tutte le comunità microbiche? Beh, magari non esattamente questo, che pure è una guida utile per comprendere la biodiversità. I vari Paesi del globo possiedono diverse comunità microbiche che divengono immediatamente distintive di un luogo piuttosto che di un altro. In microbiologia è più o meno lo stesso anche se, devo ammetterlo, i microbi, visti al microscopio, sembrano tutti uguali. Perciò, invece di provare a identificarli dall'aspetto,noi osserviamo le sequenze del loro DNA nell'ambito di un progetto, il Progetto del Microbioma Umano.Finanziato dal MIH per 173 milioni di dollari, questo studio ha riunito centinaia di ricercatori per tracciare una mappa di tutte le A, T, G, C e di tutti i microbi del corpo umano. Presi nel loro insieme, hanno pressappoco questo aspetto. È piuttosto difficile farsene un'idea, non è vero? 3:17Nel mio laboratorio abbiamo sviluppato tecniche di calcolo che consentono di trasformare questa enorme serie di dati in qualcosa di più utile, come, ad esempio, una mappa del microbioma umano,ricavata da 250 soggetti sani, che ha esattamente questo aspetto. Ogni punto qui rappresenta tutti i microbi complessi appartenenti a un'intera comunità microbica. Come dicevo, in pratica sono tutti uguali. In questa immagine, ogni punto rappresenta la comunità microbica in un sito corporeo di un soggetto sano. Vedete, la mappa è formata da parti con colori diversi, simili a continenti separati. A ciascuna di queste parti corrisponde un'area corporea contenente microbi molto diversi. Quella in verde, in alto, è la comunità microbica della zona orale. Sul lato opposto, in blu, troviamo la comunità della pelle, poi la comunità vaginale, di colore viola, e infine, i batteri fecali, in marrone. Solo da pochi anni abbiamo scoperto che i microbi presenti in diverse parti del corpo sono molto diversi tra loro.Osservando i microrganismi presenti nella bocca e nell'intestino di una persona, si scoprono differenze enormi tra le due comunità microbiche, maggiori di quelle che esistono tra i microbi di una barriera corallina e i microbi di una prateria. Pensateci, è incredibile. Vale a dire che nei pochi centimetri, di un corpo umano, c'è una differenziazione dell'ecologia microbica maggiore che non in centinaia di miglia sulla Terra. 4:45Ciò significa anche che non esistono due persone in tutto simili nel loro habitat corporeo. Avrete forse sentito dire che, in termini di DNA umano, siamo tutti pressoché uguali. In termini di DNA umano, ciascuno di voi è identico al proprio vicino di posto al 99,99%. Tranne per i microbi del vostro intestinoche condividono solo il 10 % di similitudine con quelli della persona seduta accanto a voi. Una differenza come quella tra i batteri di questa prateria e i batteri di questa foresta. 5:15Questi batteri così diversi hanno tutte le diverse funzioni di cui vi ho parlato, dalla digestione del cibo, ad un ruolo in varie malattie, al metabolismo dei farmaci e così via. Ma come riescono a fare tutte queste cose? In parte perché i batteri, sebbene occupino un volume ridotto nel nostro corpo, sono, in realtà,molto più numerosi di noi. Quanto? Beh, dipende dal modo in cui pensiamo al nostro corpo. In termini di cellule, ogni essere umano è formato da circa 10.000 miliardi di cellule, ma ospita qualcosa come 100.000 miliardi di cellule microbiche. In pratica, ci battono 10 a uno. Si potrebbe pensare che ciò che ci rende umani è il nostro DNA, ma in realtà ciascuno di noi possiede circa 20.000 geni umani, a seconda di cosa di conta esattamente, e dai 2 ai 20 milioni di geni microbici. Quindi, siamo comunque in netta inferiorità numerica rispetto ai nostri microbi simbionti. Si è scoperto anche che, oltre alle tracce di DNA umano, lasciamo anche tracce di DNA microbico su tutto ciò che tocchiamo. In uno studio di alcuni anni fa, abbiamo dimostrato che dal palmo della mano di una persona si può risalire al mouse che usa abitualmente con una percentuale di precisione del 95%. Lo studio è stato pubblicato su una rivista scientifica, ma, soprattutto, è stato descritto in "CSI: Miami," dal che si deduce che è vero. (Risate) 6:35Dunque, in primo luogo, da dove vengono i nostri microbi? Se anche voi, come me, avete dei cani o dei bambini, probabilmente avrete atroci sospetti, tutti fondati, tra l'atro. Quindi, come siamo in grado di abbinarvi al vostro computer analizzando i microbi condivisi, possiamo anche associarvi al vostro cane.Negli adulti, però, le comunità microbiche sono relativamente stabili, quindi anche se vivete con qualcuno manterrete una vostra identità microbica separata per intere settimane, mesi o addirittura anni. 7:04Si è scoperto che le nostre prime comunità microbiche dipendono in gran parte da come siamo nati.Nei bambini nati con parto naturale, tutti i batteri, sono simili a quelli della comunità vaginale, mentre i bambini che nascono con parto cesareo hanno batteri simili alle comunità microbiche della pelle.Questa differenza potrebbe essere ricondotta ad alcuni problemi di salute connessi alla nascita con parto cesareo, come una maggiore predisposizione ad asma, allergie e obesità, condizioni che sono state tutte associate a microbi. Fino a poco tempo fa, ogni mammifero superstite veniva partorito per vie naturali, per cui la mancanza di quei microbi protettivi, con i quali ci siamo evoluti, sarebbe determinante per l'insorgere di molte malattie che coinvolgono il microbioma. 7:47Quando è nata mia figlia due anni fa, con un taglio cesareo d'emergenza, abbiamo preso in mano la situazione per garantirle quella copertura di batteri vaginali che avrebbe dovuto ricevere naturalmente.È molto difficile dire se la cosa abbia funzionato in questo caso specifico. Un campione costituito da un unico bambino, per quanto amatissimo, non basta per avere validità statistica, ma quello che posso dirvi è che a due anni compiuti, non ha ancora avuto una sola otite e quanto a noi, continuiamo a incrociare le dita. Inoltre, stiamo iniziando sperimentazioni cliniche con altri bambini per accertare se vi sia un effetto protettivo in generale. 8:26Il tipo di parto, dunque, ha un effetto enorme sui microbi che abbiamo alla nascita. Ma che succede dopo? Quella che vedete qui è una mappa dati del Progetto Microbioma Umano. Ogni punto è un campione proveniente da un sito corporeo di uno dei 250 adulti sani coinvolti nello studio. Avete già osservato lo sviluppo fisico e mentale dei bambini. Per la prima volta, adesso, vedrete il figlio di un mio collega svilupparsi dal punto di vista microbico. Andremo ad osservare le feci di questo bambino, la comunità fecale, che rappresenta le viscere, con campioni settimanali per circa due anni e mezzo.Partiamo dal primo giorno. Il bambino inizia qui, dove c'è questo punto giallo e, come vedete, parte praticamente dalla comunità microbica vaginale, come previsto, date le modalità del parto. Nei prossimi due anni e mezzo, il bambino si muoverà verso il basso avvicinandosi sempre più alla comunità fecale adulta dei soggetti sani dello studio. Faccio partire l'animazione e vediamo cosa succede. 9:25Come vedete - ricordate che ogni passo qui è solo una settimana - di settimana in settimana, i mutamenti nella comuità microbica delle feci di questo bambino sono maggiori rispett

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